内蒙古大学蒙古学研究中心是国家教育部设在内蒙古自治区的惟一一所国家级人文社会科学重点研究基地。该中心由教育部、内蒙古自治区教育厅和内蒙古大学共建，以内蒙古大学自建为主的模式进行建设、管理和运行。中心为学校直属的实体性研究机构，下设蒙古语言文学研究室、蒙古历史文化研究室、蒙古社会经济研究室、民族博物馆、办公室和文献资料部，涵盖了蒙古学所有研究领域。拥有专职研究人员19名，兼职研究人员14名，以及图书资料员、《蒙古学集刊》编辑、网络管理员、办公室人员各1名。研究条件一流。内蒙古大学蒙古学研究中心以全面实施教育部确定的重点研究基地建设标准为宗旨，施行由基地主任按 “带（给）课题和经费进基地、完成课题后出基地”的要求聘任所有专兼职研究人员的制度，以打破终身制；通过组织重大科研项目，产出重大研究成果；通过科学研究，培养高素质的一流学术带头人和中青年学术骨干；通过课程开发和吸收研究生参加课题组，促进最新研究成果向教学转化，提高教学水平，培养硕士、博士等高级专门人才；通过积极的学术交流，发挥对外交流窗口的作用；通过向社会和各级政府提供有效的咨询和研究服务，成为知名的思想库和咨询服务基地；通过深化科研体制改革，在高校科研体制改革方面发挥示范和辐射作用。

现任研究中心主任为乌云毕力格教授；副主任为乌云格日勒研究员、姑茹玛副研究员。